沈昌祥院士从事计算机信息系统、密码工程、信息安全体系结构、系统软件安全（安全操作系统、安全数据库等）、网络安全等方面的研究工作。先后完成了重大科研项目二十多项，取得了一系列重要成果，曾获国家科技进步一等奖2项、二等奖3项、三等奖3项，军队科技进步奖十多项。这些成果在信息处理和安全技术上有重大创造性，多项达到世界先进水平，在全国全军广泛应用，取得十分显著效益，使我国信息安全保密方面取得突破性进展。

被授予“海军模范科技工作者”荣誉称号，评为国家有突出贡献中青年专家，曾当选为七届全国人大代表，1996年获军队首届专业技术重大贡献奖。1995年5月当选为中国工程院院士。2002年荣获国家第四届"光华工程科技奖"。

目前担任国家信息化专家咨询委员会委员,北京大学、北京工业大学、国防科技大学等多所著名高校的博士生导师，国家密码管理委员会办公室顾问,国家保密局专家顾问,公安部“金盾工程”特邀顾问,中国人民银行信息安全顾问,国家税务总局信息技术咨询委员会委员,中国计算机学会信息保密专业委员会主任，教育部高等学校信息安全类专业教学指导委员会主任，北京工业大学计算机学院名誉院长。